Η Ιατρική Σχολή δέχτηκε φέτος φοιτητές που σημείωσαν επιτυχία στις Πανελλήνιες εξετάσεις. Σ’ αυτούς θα προστεθούν φοιτητές που εγγράφονται μετά από ειδικές εξετάσεις (ομογενείς) ή και χωρίς εξετάσεις (αλλοδαποί και πάσχοντες από σοβαρούς λόγους υγείας), φοιτητές που μεταγράφονται από άλλα Ιατρικά Τμήματα της Ελλάδος και πτυχιούχοι Α.Ε.Ι. και Τ.Ε.Ι. που εισάγονται στο Τμήμα Ιατρικής μετά από κατατακτήριες εξετάσεις. Η εγγραφή των πρώτων μεταπτυχιακών φοιτητών στα Π.Μ.Σ. για Μεταπτυχιακά Διπλώματα Ειδίκευσης (ΜΔΕ) έγινε το 2003-2004. Σήμερα λειτουργούν στο Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανωμένα Μεταπτυχιακά Προγράμματα που παρέχουν υψηλής ποιότητας μεταπτυχιακή εκπαίδευση σε ένα ευρύ φάσμα ειδικοτήτων.